青海大学藏医学院始建于1987年，其前身是青海藏医学院。1995年青海藏医学院与青海医学院整合。1999年青海省人民政府批准青海藏医学院为青海金诃藏医药集团组建单位之一。2004年，青海医学院与原青海大学整合，组建新的青海大学，青海藏医学院更名为青海大学藏医学院。2016年，青海大学藏医学院升格为青海大学二级学院，直属青海大学管理。

青海大学藏医学院是培养高素质创新型藏医药人才的摇篮，现设有藏医学、藏药学两个本科专业。已形成集本科生、研究生、留学生、成人教育为一体的藏医药学高等教育办学新格局。构建了以藏医药教学为主，藏西医结合为特色，实行传统加现代，传承与创新同步，校企联合、产学研医文化相结合的藏区藏医药创新人才培养模式。学院拥有一支教学经验丰富、科研能力强、爱岗敬业的师资队伍，专任师资队伍中，高级职称人数占59%，具有博士学位教师人数占80.4%。学院现有非直属附属藏医医院1个，临床实习医院17个，实践教学基地2个，野外采认药教学基地2个，创新人才培养基地4个。先后牵头完成“全国藏药学专业本科（四年制）系列教材”（11种）、“21世纪藏医本科教育规划教材”（26种）、“面向21世纪课程教材”（28种）、“藏医药学专业研究生试用教材”（13种）等近80部教材的编写编译出版工作，全面建立了具有传统民族医药特色的教材体系。荣获教育部高等教育国家级教学成果二等奖和青海省省级教学成果奖多项。

2000年获得藏医学学术学位硕士授予权，2006年获得民族医学（藏医藏药）博士学位授予权，实现了青海省高等教育博士点零的突破。2007年藏医学被确定为省级重点学科。2009年获批第五批高等学校国家级特色专业建设点、国家级藏医药学实验教学示范中心建设单位，“藏医药继承与创新研究”被确定为青海大学“211工程”三期重点建设学科。2010年获批国家级藏医药学教学团队、国家教育体制改革试点项目--“创新藏区藏医药人才培养模式”。2009年、2011年连续两次获批青海省藏医药领域人才“小高地”建设单位。2015年获批藏医学专业学位硕士授予权。2016年，获批青海省首批“高端创新人才千人计划”藏医药防治重大疾病创新团队，同年招收首批藏医学专业硕士学位留学生。2019年，分别获批国家级藏医药国际合作基地（青海）、中医药高层次人才培养基地、藏药新药开发国家重点实验室（校企共建），藏医药学入选青海省“国内一流”建设学科、藏医学入选国家级一流本科专业建设行列。2021年获批中医学（藏医）一级学科博士点、中医学一级学科硕士点。2022年获批藏医学专业国家级虚拟教研室、《藏医方剂学与泻治学》国家级一流课程。2023年获得高等教育（研究生）国家级教学成果奖二等奖。

学院立足青海，辐射全国，走向世界。先后与西藏藏医学院、北京中医药大学、成都中医药大学、美国洛杉矶加州大学（UCLA）、美国象雄国际学院等20余所国内外知名院校建立了广泛的合作关系，相继出国访问、讲学、考察和交流，向日本、美国输送藏医药学人才，并在美国弗吉尼亚大学开设藏医学选修课程，对宣传和传播藏医药学优秀传统文化起到了极大的推动和促进作用。

新时期，学院将全面贯彻党的教育方针，继续秉承“明德尚行，博古通今”这一办学理念，不断深化教育教学改革，力争把藏医药学学科建设成为世界一流的特色学科和国内竞争力十足的优势学科；把青海大学藏医学院建设成为在整体办学实力、教育教学质量、藏医药科研水平等方面处于国内同行中领先地位，并能够主动适应和服务于青海经济建设、社会发展、科技进步的人才培养基地和藏医药研究开发基地。为社会输送更多的传承型、实用型、复合型人才，为藏医药事业的发展做出更大贡献。