藏医药综合实验中心始建于2001年，目前共有专、兼职人员21人，开设《藏医诊断学》、《藏药炮制学》等课程的“三时九诊尿诊法”、“藏药五鹏丸的四色配制法”等具有藏医药学科特色的实验项目84项。2003年相继建立和完善了藏医药综合实验室，下设藏医药传统实验室及藏医药现代实验室，藏医药传统实验室下设藏医药“唐卡”示教室、树喻器械室、藏医特色诊疗实验室、藏药标本中心等。藏医药现代实验室下设藏医形态实验室、藏药药理实验室等。基本形成了满足各专业实验教学需求的藏医药综合实验教学体系。2008年获得省级实验教学示范中心，2009年被列入省部共建实验室建设项目。使学生早期接触临床，达到理论与实践结合、基础与临床结合的效果，提高学生的学习兴趣，培养学生分析问题、解决问题的实际能力。